თბილისის სასულიერო სემინარია, გაიხსნა 1817 წლის 1 ოქტომბერს. თავდაპირველად განთავსებული იყო ავლაბარში, დედოფალ დარეჯანის სასახლის ტერიტორიაზე, 1840 გადავიდა ახლანდ. საქართვ. ხელოვნების სახელმწ. მუზეუმის შენობაში. შედგებოდა რიტორიკის ორი კლასისაგან. 1823 მიემატა ფილოს., ხოლო 1827 – ღვთისმეტყველების კლასები. რიტორიკის კლასებში სწავლობდნენ რუს. ენასა და ლიტ-რას, რუსეთისა და მსოფლიო ისტორიას, რიტორიკას; ფილოს. კლასში – ფილოსოფიას, ლოგიკას, მათემატიკას, ფიზიკასა და ბუნებისმეტყველებას; ღვთისმეტყველების კლასში – ეკლესიის ისტორიას, ძვ. სლავურ ენას. სწავლების ექვსივე წელს სწავლობდნენ ლათ., ბერძნ., გერმ., ფრანგ. ენებსა და პედაგოგიკას. კურსდამთავრებულებს შეეძლოთ ემუშავათ სოფლის სამრევლო და საერო სკოლების მასწავლებლად ან გაეგრძელებინათ სწავლა სას. აკადემიასა და უნ-ტში. თ.ს.ს-ში სხვადასხვა დროს სწავლობდნენ: პ. იოსელიანი, გ. ქიქოძე, დ. ბაქრაძე, ვ. პეტრიაშვილი, თ. ჟორდანია, ი. გოგებაშვილი, დ. ჭონქაძე, ლ. არდაზიანი, ნ. ლომოური, ს. მგალობლიშვილი და სხვ. სემინარიაში დამკვიდრებული მკაცრი რეჟიმი, დასჯის დამამცირებელი მეთოდები მოსწავლე ახალგაზრდობას არსებული ხელისუფლების წინააღმდეგ განაწყობდა. მოსწავლეები უშვებდნენ საიდუმლო ხელნაწერ გაზეთს, პროკლამაციებს. XIX ს. ბოლოს და XX ს. დასაწყისში აქ დაიწყეს რევ. მოღვაწეობა სემინარიის მოსწავლეებმა – ი. ჯუღაშვილმა (სტალინი), ლ. კეცხოველმა, ა. წულუკიძემ, მ. ცხაკაიამ, ფ. მახარაძემ, შ. ჩიტაძემ და სხვ. 1893 დეკემბერში ლ. კეცხოველის, მ. ცხაკაიას და ა. წულუკიძის მეთაურობით მოეწყო სემინარიელთა დიდი საპროტესტო დემონსტრაცია. მოსწავლეები მოითხოვდნენ სემინარიაში გამეფებული რეჟიმის აღკვეთას, ქართ. ენის სწავლების აღდგენას, ქართ. ენისა და ლიტ-რის კათედრის დაარსებას, კლასგარეშე ლიტ-რის თავისუფლად არჩევის უფლებას, შოვინისტი და დესპოტი მასწავლებლების დათხოვნას და სხვ. ჟანდარმერიამ დემონსტრაცია დაშალა. სემინარია დროებით დახურეს, 67 მოსწავლე, მ. შ. ლ. კეცხოველი, ი. ჯუღაშვილი, ვ. ლეჟავა სასწავლებლიდან გარიცხეს. არაერთგზის დაისვა სემინარიის ჩრდ. კავკასიაში (სტავროპოლი, ეკატერინოდარი) გადატანის საკითხი, მაგრამ 1917-მდე (დახურვამდე) იგი თბილისში დარჩა. საქართვ. მართლმადიდებელი სამოციქულო ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ, კათოლიკოს-პატრიარქების კირიონ II-ისა და ლეონიდეს დროს, აქტიურად იღვწოდნენ სას. სემინარიის დაარსებისათვის, მაგრამ 1921 წ. თებერვალში საბჭოთა რუსეთის მიერ განხორციელებული ახ. აგრესიისა და ოკუპაციის პირობებში, როდესაც საქართვ. მართლმადიდებელი სამოციქულო ეკლესია კანონგარეშე ორგანიზაციად გამოცხადდა, სას. სასწავლებლის გახსნაზე ფიქრიც კი არ შეიძლებოდა.
1963 ეკლესიამ საერო მთავრობისაგან მცხეთაში სამოძღვრო კურსების გახსნის ნებართვა მიიღო; კურსების პირველ რექტორად დაინიშნა მიტროპოლიტი ილია (1978-იდან სრულიად საქართვ. კათოლიკოს-პატრიარქი). კურსებს წმ. მღვდელმთავრის გაბრიელ ეპისკოპოსის სახელი მიენიჭა. რამდენიმე წელიწადში კურსები 3-წლიან სას. სემინარიად გადაკეთდა. პირველი სას. სასწავლებელი მცხეთაში სამთავროს დედათა მონასტრის ეზოში მდებარეობდა. 1988 სრულიად საქართვ. კათოლიკოს-პატრიარქის ძალისხმევით სას. სემინარია თბილისში გადმოვიდა და მის ბაზაზე დაფუძნდა სას. აკადემია, რაც საქართვ. ეკლესიის დაკარგული ავტოკეფალიის აღდგენის დამაგვირგვინებელ ეტაპადაა მიჩნეული. 1997-მდე სემინარიაში სწავლა 3-წლიანი იყო, 1999-იდან კი 4-წლიანი გახდა. პირველ კურსზე ჩაირიცხა 4 მსმენელი, შემდეგ სტუდენტთა რაოდენობა თითო კურსზე გახდა 10 (სულ იყო სამი კურსი). სემინარიაში სწავლის მსურველები მისაღებ გამოცდებზე აბარებენ შემდეგ საგნებს: საქართვ. ისტორია, ქართ. ენა და ლიტ-რა, მოკლე ქრისტ.-მართლმადიდებლური კატეხიზმო. სასწ. კურსი საღვთისმეტყველო საგნებთან ერთად (ძვ. და ახ. აღთქმა, ლიტურგიკა, დოგმატიკა, პატროლოგია, კატეხიზმო) ითვალისწინებს საქართვ. და მსოფლიო ეკლესიების ისტ., გალობის, ხატწერის, ფილოლ., ფილოს., ისტ., უცხო ენების, ფსიქოლ. მეცნ. საფუძვლების შესწავლასაც. სასწ.-პედ. მოღვაწეობას სას. პირებთან ერთად საქართვ. მეცნ. აკად., საერო უნ-ტების პროფესორ-მასწავლებლები და სას. აკად. კურსდამთავრებულები ეწევიან.
1972 რამდენიმე თვის განმავლობაში, სემინარიის რექტორი იყო კათოლიკოს-პატრიარქი დავით V (დევდარიანი), 1972–77 – წილკნელი მიტროპოლიტი გაიოზი (კერატიშვილი), 1978–79 – დეკანოზი (ამჟამად მიტროპოლიტი) გიორგი (შალამბერიძე), 1979–80 – მთავარეპისკოპოსი (ამჟამად მიტროპოლიტი) თადეოზი, 1980–83 – მიტროპოლიტი დავითი (ჭკადუა), 1984–88 წლებში – წილკნელი ეპისკოპოსი (ამჟამად მიტროპოლიტი) ზოსიმე (შიოშვილი). 1989-იდან სემინარიასთან ერთად გაიხსნა თბილ. სას. აკადემია, რ-ის პირველი რექტორი კვლავ ზოსიმე (შიოშვილი) იყო.
1989–93 რექტორის მოვალეობას ასრულებდა პროტოპრესვიტერი გიორგი – ამჟამად მიტროპოლიტი იოანე (გამრეკელი), 1993–2003 – მიტროპოლიტი აბრაამი (გარმელია), 2004–05 – მიტროპოლიტი თეოდორე (ჭუაძე), 2005–09 რექტორი იყო სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი ილია II, ხოლო 2009 წ. 23 ოქტომბრიდან სას. აკად. და სემინარიის რექტორად დაინიშნა პროტოპრესვიტერი გიორგი ზვიადაძე.